Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów: Podstawy Linuxa” (online)

Szanowni Państwo,

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL serdecznie zaprasza do udziału w warsztacie „Bioinformatyka dla biologów: Podstawy Linuxa” (prowadzący: dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN), który odbędzie się 21 września 2024 roku w formie online.

Pojawienie się technik opartych na wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu (NGS) wprowadziło zupełnie nowe możliwości analizy mikrobiomu zarówno występującego w organizmach żywych, jak i środowiskowego. Analiza sekwencji 16S rRNA daje informację nie tylko o obecności w badanym materiale poszczególnych jednostek taksonomicznych ale również o ich obfitości. Poszerzona analiza bioinformatyczna w oparciu o dane taksonomiczne umożliwia identyfikację potencjalnych metabolitów uwalnianych przez różne bakterie do środowiska. W ten aspekt wpisuje się tematyka proponowanego warsztatu. Dotyczy zagadnień związanych z przygotowaniem próbek do analizy składu mikrobiomu oraz doborem odpowiednich odczynników jak również ścieżki analitycznej (bioinformatycznej) opartej na najbardziej znanym i obowiązującym narzędziu: QIIME2. Uczestnicy zapoznają się z problemem oceny jakości badanych próbek, metodami oceny alfa i beta różnorodności. Na zakończenie zostanie pokazana metoda oceny potencjalnych metabolitów. W trakcie warsztatu zostanie przeprowadzona analiza danych pochodzących z realnych zasobów prowadzącego.

Szczegółowe informacje znajdują się pod linkiem.