Warsztat pt.: „Podstawowa analiza danych RNA-seq”

19-20 kwietnia 2024 roku

9:00-14:00

Celem warsztatu jest wprowadzenie uczestników w praktyczne aspekty analizy danych RNA-seq. Głównymi założeniami są: skupienie się na praktyce pod względem kluczowych narzędzi i prowadzenie analizy na rzeczywistych danych. Intencją warsztatu jest przekazanie wiedzy o wysokim poziomie aplikowalności, tak aby po jego ukończeniu uczestnicy mogli wykorzystać ją w swoich badaniach i pracy naukowej.

Prowadzącym warsztat jest dr hab. Łukasz Łaczmański, którego praktyczne doświadczenie i kompetencje pedagogiczne są niewątpliwą zaletą. Zostało to podkreślone przez uczestników innych prowadzonych przez Pana Profesora szkoleń i warsztatów odbywających się w 2023 roku. Doceniane były m.in. bardzo dobra znajomość tematu, interaktywność, praktyczne informacje, uporządkowana struktura warsztatu oraz materiały dodatkowe. Wierzymy, że podobne doświadczenia będą towarzyszyć wszystkim uczestniczącym w nadchodzących warsztatach.

Program warsztatu

Dzień 1: Podstawy i Przygotowanie Danych
Sesja 1: Wprowadzenie i Konfiguracja Narzędzi
– Wprowadzenie do RNA-Seq, przegląd procesu i zastosowań.
– Instalacja i konfiguracja narzędzi analizy RNA-Seq (FastQC, Trimmomatic, HISAT2, SAMtools).
Sesja 2: Kontrola Jakości i Przygotowanie Danych
– Kontrola jakości danych sekwencji z użyciem FastQC; przycinanie i filtrowanie danych z Trimmomatic.
– Wprowadzenie do Linuxa w kontekście bioinformatyki, przegląd i ćwiczenia z podstawowych komend.

Dzień 2: Mapowanie, Kwantyfikacja i Analiza
Sesja 3: Mapowanie Sekwencji i Ocena Jakości
– Teoria i praktyka mapowania sekwencji RNA na genom referencyjny z użyciem HISAT2.
– Ocena jakości mapowania z SAMtools i wprowadzenie do narzędzi wizualizacji (np. IGV).
Sesja 4: Kwantyfikacja Ekspresji i Analiza Różnicowej Ekspresji
– Kwantyfikacja ekspresji genów przy użyciu featureCounts, wprowadzenie do normalizacji danych.
– Analiza różnicowej ekspresji z DESeq2/edgeR, interpretacja wyników.
Sesja 5: Wizualizacja Danych i Zakończenie
– Wprowadzenie do wizualizacji danych ekspresji za pomocą R i ggplot2 (heatmapy, volcano plots).

Zalecane minimalne wymagania dla uczestników kursu:

Procesor: minimum 4 rdzenie, rekomendowane 8
Pamięć: minimum 16 GB, zalecane 32 GB
HDD: minimum 1 TB
System operacyjny: Linux Ubuntu, Debian lub MacOS
W przypadku Windowsa umiejętność konfiguracji Virtual Box’a
Obsługa systemu Linux Ubuntu, Debian lub MacOS
Posługiwanie się wierszem poleceń w systemie Linux lub MacOS
Umiejętność zainstalowania środowiska wirtualnego Conda

Prowadzący:

Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.

Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.

Warsztaty odbędą się w dniach 19-20 kwietnia 2024 roku w godzinach 9:00-14:00.

Forma warsztatu: on-line.

Rejestracja

III tura rejestracji uczestnictwa trwa do 11 kwietnia 2024 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

Aby bez przeszkód móc uczestniczyć w wydarzeniu użytkując platformę ClickMeeting wystarczy dostęp do Internetu i aktualna przeglądarka internetowa (Chrome, Opera, Firefox, Edge). Zaleca się używać komputer z 4-wątkowym procesorem, min. 8 GB pamięci RAM i aktualnym systemem operacyjnym Windows 8.1, Windows 10 lub Windows 11. W praktyce jednak wystarczy dowolny sprzęt, który płynnie wykonuje zadania biurowe. Platforma streamingowa działa także na systemach operacyjnych Apple oraz dystrybucjach Linux, w tym – systemie Android i ChromeOS.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 11 kwietnia 2024 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 19-20 kwietnia 2024 roku – termin wydarzenia,
• od 22 kwietnia 2024 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1300 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 1400 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 1500 zł brutto (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: analiza RNAseq+ imię i nazwisko Uczestnika

Opłata za udział w warsztacie zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę warsztatu,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty za udział w warsztacie w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl