Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów – wykorzystanie danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania (NGS) do analizy składu mikrobiomów”

17-18 listopada 2023 roku

09:00-14:00

Pojawienie się technik opartych na wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu (NGS) wprowadziło zupełnie nowe możliwości analizy mikrobiomu zarówno występującego w organizmach żywych, jak i środowiskowego. Analiza sekwencji 16S rRNA daje informację nie tylko o obecności w badanym materiale poszczególnych jednostek taksonomicznych ale również o ich obfitości. Poszerzona analiza bioinformatyczna w oparciu o dane taksonomiczne umożliwia identyfikację potencjalnych metabolitów uwalnianych przez różne bakterie do środowiska. W ten aspekt wpisuje się tematyka proponowanego warsztatu. Dotyczy zagadnień związanych z przygotowaniem próbek do analizy składu mikrobiomu oraz doborem odpowiednich odczynników jak również ścieżki analitycznej (bioinformatycznej) opartej na najbardziej znanym i obowiązującym narzędziu: QIIME2. Uczestnicy zapoznają się z problemem oceny jakości badanych próbek, metodami oceny alfa i beta różnorodności. Na zakończenie zostanie pokazana metoda oceny potencjalnych metabolitów. W trakcie warsztatu zostanie przeprowadzona analiza danych pochodzących z realnych zasobów prowadzącego.

Zagadnienia:
1. Podstawy analizy mikrobiomów (wykład).
2. Miary różnorodności mikrobiomu (alfa i beta diversity) – wykład.
3. Wprowadzenie do narzędzia QIIME2 (warsztaty).
4. Jak interpretować dane z mikrobiomu? (warsztaty)
5. Metody wizualizacji danych (warsztaty).
6. Wykorzystanie narzędzi bioinformatycznych (picrust2) do identyfikacji metabolitów
mikrobiomu (warsztaty).

Warsztaty odbędą się w dniach 17-18 listopada 2023 roku w godzinach 9:00-14:00.  

Forma szkolenia: on-line.

Prowadzący:

Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.

Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.

Rejestracja

II tura rejestracji uczestnictwa trwa do 26 września 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

• Platforma ClickMeeting pozwoli na:
  • uczestnictwo w warsztacie poprzez urządzenia mobilne takie jak: laptop, smartfon, tablet (uczestnikom rekomendujemy aby podczas warsztatu korzystali z komputera stacjonarnego, laptopa lub aplikacji mobilnej ClickMeeting),
  • uczestnictwo w warsztacie bez posiadania kamery internetowej, zalecany jest sprawny mikrofon,
  • obecność i ciągłe wsparcie Organizatorów.

Wymagania techniczne:

• posiadanie komputera, smartfonu lub tabletu z połączonym Internetem,
  • Procesor dwurdzeniowy 2GHz lub lepszy (zalecany czterordzeniowy);
  • 2GB pamięci RAM (zalecane 4GB lub więcej);
  • System operacyjny taki jak Windows 8 (zalecany Windows 10), Mac OS wersja 10.13 (zalecana najnowsza wersja), Linux, Chrome OS.

• wbudowany lub zewnętrzny mikrofon, opcjonalnie kamera internetowa.

Wymagane jest korzystanie z najaktualniejszych oficjalnych wersji Google Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Edge (Chromium), Yandex lub Opera.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 26 października 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 17-18 listopada 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 20 listopada 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1450 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 1550 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 1700 zł brutto (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: BDB mikrobiomy + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę warsztatu,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl