Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów: Podstawy NGS i przygotowania danych”
15 listopada 2024 roku
09:00-17:00
Kurs ma na celu przygotowanie uczestnika do analizy danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Od uczestnika jest wymagana biegła znajomość systemu Linux lub MacOS (wskazane uczestnictwo w poprzednim kursie: Bioinformatyka dla biologów: Podstawy Linux’a). W pierwszej kolejności zostanie przedstawiona technika NGS. Omówione będą dostępne platformy ze szczególnym podkreśleniem ich zalet i wad. W dalszej części teoretycznej zostaną przedstawione formaty plików na poszczególnych etapach analizy.
Część praktyczna będzie obejmować następujące zagadnienia:
- Instalacja podstawowych narzędzi bioinformatycznych w środowisku wirtualnym conda,
- Opisy plików fastq, bam, vcf,
- Analiza jakości odczytów,
- Ocena wiarygodności eksperymentu NGS.
Wymagania sprzętowe:
- Minimum 4 wątkowy procesor.
- Pamięć RAM minimum 16 GB
- HDD minimum 1 TB.
- Zainstalowany Linux Debian, Ubuntu lub MacOS.
Warsztat odbędzie się 15 listopada 2024 roku w godzinach 9:00-17:00 (w trakcie zaplanowane jest 4 godziny kursu teoretycznego oraz 4 godziny praktyki).
Forma szkolenia: on-line.
Prowadzący:
Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.
Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.
Platforma
Aby bez przeszkód móc uczestniczyć w wydarzeniu użytkując platformę ClickMeeting wystarczy dostęp do Internetu i aktualna przeglądarka internetowa (Chrome, Opera, Firefox, Edge). Zaleca się używać komputer z 4-wątkowym procesorem, min. 8 GB pamięci RAM i aktualnym systemem operacyjnym Windows 8.1, Windows 10 lub Windows 11. W praktyce jednak wystarczy dowolny sprzęt, który płynnie wykonuje zadania biurowe. Platforma streamingowa działa także na systemach operacyjnych Apple oraz dystrybucjach Linux, w tym – systemie Android i ChromeOS.
Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.
Terminy
• do 7 listopada 2024 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 15 listopada 2024 roku – termin wydarzenia,
• od 18 listopada 2024 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.
Opłaty
Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1100 zł brutto (w tym 23% VAT) we wczesnej turze rejestracji lub 1200 zł brutto (w tym 23% VAT) w późnej turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
Rejestracja
Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK
DANE DO WPŁAT
Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)
Tytuły przelewów: BDB NGS + imię i nazwisko Uczestnika
Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:
- podstawę prawną,
- imię i nazwisko uczestnika,
- datę i nazwę warsztatu,
- nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
- podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.
W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.
Regulamin
Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK
Kontakt
szkolenia@fundacja-tygiel.pl
