Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów: Podstawy NGS i przygotowania danych”

15 listopada 2024 roku

09:00-17:00

Kurs ma na celu przygotowanie uczestnika do analizy danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania. Od uczestnika jest wymagana biegła znajomość systemu Linux lub MacOS (wskazane uczestnictwo w poprzednim kursie: Bioinformatyka dla biologów: Podstawy Linux’a). W pierwszej kolejności zostanie przedstawiona technika NGS. Omówione będą dostępne platformy ze szczególnym podkreśleniem ich zalet i wad. W dalszej części teoretycznej zostaną przedstawione formaty plików na poszczególnych etapach analizy.

Część praktyczna będzie obejmować następujące zagadnienia:

  1. Instalacja podstawowych narzędzi bioinformatycznych w środowisku wirtualnym conda,
  2. Opisy plików fastq, bam, vcf,
  3. Analiza jakości odczytów,
  4. Ocena wiarygodności eksperymentu NGS.

Wymagania sprzętowe:

  • Minimum 4 wątkowy procesor.
  • Pamięć RAM minimum 16 GB
  • HDD minimum 1 TB.
  • Zainstalowany Linux Debian, Ubuntu lub MacOS.

Warsztat odbędzie się 15 listopada 2024 roku w godzinach 9:00-17:00 (w trakcie zaplanowane jest 4 godziny kursu teoretycznego oraz 4 godziny praktyki).  

Forma szkolenia: on-line.

Prowadzący:

Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.

Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.

Rejestracja

Wczesna tura rejestracji uczestnictwa trwa do 17 października 2024 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

Aby bez przeszkód móc uczestniczyć w wydarzeniu użytkując platformę ClickMeeting wystarczy dostęp do Internetu i aktualna przeglądarka internetowa (Chrome, Opera, Firefox, Edge). Zaleca się używać komputer z 4-wątkowym procesorem, min. 8 GB pamięci RAM i aktualnym systemem operacyjnym Windows 8.1, Windows 10 lub Windows 11. W praktyce jednak wystarczy dowolny sprzęt, który płynnie wykonuje zadania biurowe. Platforma streamingowa działa także na systemach operacyjnych Apple oraz dystrybucjach Linux, w tym – systemie Android i ChromeOS.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 7 listopada 2024 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 15 listopada 2024 roku – termin wydarzenia,
• od 18 listopada 2024 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1100 zł brutto (w tym 23% VAT) we wczesnej turze rejestracji lub 1200 zł brutto (w tym 23% VAT) w późnej turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

Termin rejestracji
Opłata za udział
do 17.10.2024 r.
1100 zł brutto
od 18.10.2024 r. do 07.11.2024 r.
1200 zł brutto

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: BDB NGS + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

  • podstawę prawną,
  • imię i nazwisko uczestnika,
  • datę i nazwę warsztatu,
  • nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
  • podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl

Partnerzy Fundacji TYGIEL

Wspierają nas