Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów: wykorzystanie narzędzia GALAXY do identyfikacji wariantów z użyciem danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania (NGS)”

1-2 grudnia 2023 roku
09:00-14:00

Warsztaty dedykowane są dla osób reprezentujących nauki przyrodnicze i medyczne, które w swoich badaniach naukowych przeprowadzają analizy z użyciem danych. W szczególności polecamy udział biologom, biotechnologom, mikrobiologom, diagnostom laboratoryjnym i pokrewnym specjalistom. 

Program warsztatów opiera się na prezentacji „na żywo” analizy na prawdziwych danych naukowych z użyciem narzędzi GALAXY – bezpłatnego rozwiązania, którego użycie nie wymaga umiejętności programistycznych. Po warsztacie uczestnicy otrzymają komplet danych do własnoręcznej analizy w ramach zadania domowego.

Harmonogram warsztatu:

Dzień 1:

1. Wprowadzenie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA (wykład),
2. Rodzaje i formaty przetwarzanych danych. Ścieżki analizy (wykład),
3. Prezentacja narzędzia GALAXY (usegalaxy.org),
4. Analiza jakości odczytów z sekwencjonowania następnej generacji – NGS (warsztaty),
5. Obróbka odczytów o słabej jakości – trimming (warsztaty).

Dzień 2:

1. Przyrównanie odczytów sekwencji do sekwencji referencyjnej (warsztaty),
2. Wizualizacja za pomocą narzędzia IGV (warsztaty),
3. Identyfikacja wariantów (warsztaty),
4. Annotacje genów (warsztaty).
5. Wstęp do interpretacji klinicznej wariantów (warsztaty).

Opis platformy GALAXY:

Platforma GALAXY jest opensource’owym narzędziem do analizy danych pochodzących z eksperymentów biologicznych. Platforma ta daje użytkownikowi możliwość swobodnego wyboru oraz konfiguracji narzędzi analitycznych. Jest alternatywą dla drogich narzędzi komercyjnych, jak np. Statistica, CLC Genomic Workbench, NextGene i wiele innych.

W związku z tym, że platforma GALAXY jest narzędziem z otwartą licencją, każde z wysokorozwiniętych naukowo państw posiada swoją dystrybucję serwisu GALAXY dopasowaną do potrzeb swojego regionu (wersja: amerykańska, japońska, francuska, australijska, chińska, niemiecka itp.). Każda z tych dystrybucji różni się doborem różnych zestawów narzędzi analitycznych dostosowanych do konkretnej grupy zainteresowań naukowych. Podczas warsztatu będziemy korzystać z zasobów wersji amerykańskiej.

Każdy potencjalny użytkownik dystrybucji platformy GALAXY otrzymuje przypisane do siebie konto, w którym może umieszczać pliki z danymi. Następnie, korzystając z wyszukiwarki, może dobierać narzędzia analityczne wg swojego zapotrzebowania. Może również wykorzystywać opublikowane lub projektować własne algorytmy postępowania z danymi. Dzięki takiemu podejściu otrzymujemy uniwersalne narzędzie do obróbki danych biologicznych.

Korzyść dla użytkownika jest podwójna. Dzięki GALAXY może korzystać z nowoczesnych i stale aktualizowanych narzędzi do analizy danych oraz wykorzystywać moc obliczeniową serwera, na którym platforma jest zainstalowana.

Warsztaty odbędą się w dniach 1-2 grudnia 2023 r. w godzinach 09:00-14:00

Prowadzący:

Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.

Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.

Rejestracja

II tura rejestracji uczestnictwa trwa do 19 października 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

• Platforma ClickMeeting pozwoli na:
  • uczestnictwo w warsztacie poprzez urządzenia mobilne takie jak: laptop, smartfon, tablet (uczestnikom rekomendujemy aby podczas warsztatu korzystali z komputera stacjonarnego, laptopa lub aplikacji mobilnej ClickMeeting),
  • uczestnictwo w warsztacie bez posiadania kamery internetowej, zalecany jest sprawny mikrofon,
  • obecność i ciągłe wsparcie Organizatorów.

Wymagania techniczne:

• posiadanie komputera, smartfonu lub tabletu z połączonym Internetem,
  • Procesor dwurdzeniowy 2GHz lub lepszy (zalecany czterordzeniowy);
  • 2GB pamięci RAM (zalecane 4GB lub więcej);
  • System operacyjny taki jak Windows 8 (zalecany Windows 10), Mac OS wersja 10.13 (zalecana najnowsza wersja), Linux, Chrome OS.
• wbudowany lub zewnętrzny mikrofon, opcjonalnie kamera internetowa.

Wymagane jest korzystanie z najaktualniejszych oficjalnych wersji Google Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Edge (Chromium), Yandex lub Opera.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 16 listopada 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 1-2 grudnia 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 4 grudnia 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1300 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 1400 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 1500 zł brutto (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: BDB warianty + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę warsztatu,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl