
Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów: wykorzystanie narzędzia GALAXY do identyfikacji wariantów z użyciem danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania (NGS)”
1-2 grudnia 2023 roku
09:00-14:00
Warsztaty dedykowane są dla osób reprezentujących nauki przyrodnicze i medyczne, które w swoich badaniach naukowych przeprowadzają analizy z użyciem danych. W szczególności polecamy udział biologom, biotechnologom, mikrobiologom, diagnostom laboratoryjnym i pokrewnym specjalistom.
Program warsztatów opiera się na prezentacji „na żywo” analizy na prawdziwych danych naukowych z użyciem narzędzi GALAXY – bezpłatnego rozwiązania, którego użycie nie wymaga umiejętności programistycznych. Po warsztacie uczestnicy otrzymają komplet danych do własnoręcznej analizy w ramach zadania domowego.
Harmonogram warsztatu:
Dzień 1:
- Wprowadzenie do wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA (wykład),
- Rodzaje i formaty przetwarzanych danych. Ścieżki analizy (wykład),
- Prezentacja narzędzia GALAXY (usegalaxy.org),
- Analiza jakości odczytów z sekwencjonowania następnej generacji – NGS (warsztaty),
- Obróbka odczytów o słabej jakości – trimming (warsztaty).
Dzień 2:
- Przyrównanie odczytów sekwencji do sekwencji referencyjnej (warsztaty),
- Wizualizacja za pomocą narzędzia IGV (warsztaty),
- Identyfikacja wariantów (warsztaty),
- Annotacje genów (warsztaty).
- Wstęp do interpretacji klinicznej wariantów (warsztaty).
Opis platformy GALAXY:
Platforma GALAXY jest opensource’owym narzędziem do analizy danych pochodzących z eksperymentów biologicznych. Platforma ta daje użytkownikowi możliwość swobodnego wyboru oraz konfiguracji narzędzi analitycznych. Jest alternatywą dla drogich narzędzi komercyjnych, jak np. Statistica, CLC Genomic Workbench, NextGene i wiele innych.
W związku z tym, że platforma GALAXY jest narzędziem z otwartą licencją, każde z wysokorozwiniętych naukowo państw posiada swoją dystrybucję serwisu GALAXY dopasowaną do potrzeb swojego regionu (wersja: amerykańska, japońska, francuska, australijska, chińska, niemiecka itp.). Każda z tych dystrybucji różni się doborem różnych zestawów narzędzi analitycznych dostosowanych do konkretnej grupy zainteresowań naukowych. Podczas warsztatu będziemy korzystać z zasobów wersji amerykańskiej.
Każdy potencjalny użytkownik dystrybucji platformy GALAXY otrzymuje przypisane do siebie konto, w którym może umieszczać pliki z danymi. Następnie, korzystając z wyszukiwarki, może dobierać narzędzia analityczne wg swojego zapotrzebowania. Może również wykorzystywać opublikowane lub projektować własne algorytmy postępowania z danymi. Dzięki takiemu podejściu otrzymujemy uniwersalne narzędzie do obróbki danych biologicznych.
Korzyść dla użytkownika jest podwójna. Dzięki GALAXY może korzystać z nowoczesnych i stale aktualizowanych narzędzi do analizy danych oraz wykorzystywać moc obliczeniową serwera, na którym platforma jest zainstalowana.
Warsztaty odbędą się w dniach 1-2 grudnia 2023 r. w godzinach 09:00-14:00
Prowadzący:
Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.
Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.
Rejestracja
II tura rejestracji uczestnictwa trwa do 19 października 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK
Platforma
- Platforma ClickMeeting pozwoli na:
• uczestnictwo w warsztacie poprzez urządzenia mobilne takie jak: laptop, smartfon, tablet (uczestnikom rekomendujemy aby podczas warsztatu korzystali z komputera stacjonarnego, laptopa lub aplikacji mobilnej ClickMeeting),
• uczestnictwo w warsztacie bez posiadania kamery internetowej, zalecany jest sprawny mikrofon,
• obecność i ciągłe wsparcie Organizatorów.
Wymagania techniczne:
- posiadanie komputera, smartfonu lub tabletu z połączonym Internetem,
• Procesor dwurdzeniowy 2GHz lub lepszy (zalecany czterordzeniowy);
• 2GB pamięci RAM (zalecane 4GB lub więcej);
• System operacyjny taki jak Windows 8 (zalecany Windows 10), Mac OS wersja 10.13 (zalecana najnowsza wersja), Linux, Chrome OS. - wbudowany lub zewnętrzny mikrofon, opcjonalnie kamera internetowa.
Wymagane jest korzystanie z najaktualniejszych oficjalnych wersji Google Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Edge (Chromium), Yandex lub Opera.
Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.
Terminy
• do 16 listopada 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 1-2 grudnia 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 4 grudnia 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.
Opłaty
Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1300 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 1400 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 1500 zł brutto (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
DANE DO WPŁAT
Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)
Tytuły przelewów: BDB warianty + imię i nazwisko Uczestnika
Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:
- podstawę prawną,
- imię i nazwisko uczestnika,
- datę i nazwę warsztatu,
- nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
- podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.
W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.
Regulamin
Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK
Kontakt
szkolenia@fundacja-tygiel.pl