Warsztat pt.: „Bioinformatyka dla biologów – część zaawansowana: analiza profilu transkryptomicznego uzyskanego metodą wysokoprzepustowego sekwencjonowania (NGS) przy użyciu GALAXY”

I grupa – 30 czerwca – 1 lipca 2023 roku
II grupa – 7-8 lipca 2023 roku

09:00-14:00

W proponowanej edycji warsztatów skupimy się na danych pochodzących z analizy RNASeq. Zostanie zaprezentowany workflow analityczny począwszy od oceny jakości odczytów, poprzez przyrównanie odczytów do sekwencji referencyjnej a skończywszy na analizie różnic w liczbie odczytów dla poszczególnych genów pomiędzy różnymi grupami próbek.

Warsztaty dedykowane są dla osób reprezentujących nauki przyrodnicze i medyczne, które w swoich badaniach naukowych przeprowadzają analizy z użyciem danych. W szczególności polecamy udział biologom, biotechnologom, mikrobiologom, diagnostom laboratoryjnym i pokrewnym specjalistom. Udział w warsztacie nie wymaga udziału w poprzedniej edycji kursu „Bioinformatyka dla biologów: wykorzystanie narzędzia GALAXY do identyfikacji wariantów z użyciem danych pochodzących z wysokoprzepustowego sekwencjonowania (NGS)” https://fundacja-tygiel.pl/bioinformatyka/.

Program warsztatów opiera się na prezentacji „na żywo” analizy na prawdziwych danych naukowych z użyciem narzędzi GALAXY – bezpłatnego rozwiązania, którego użycie nie wymaga umiejętności programistycznych. Po warsztacie uczestnicy otrzymają komplet danych do własnoręcznej analizy w ramach zadania domowego.

Harmonogram warsztatów:

Dzień 1:

1. Techniki wysokoprzepustowego sekwencjonowania (wykład),
2. Wprowadzenie do analizy RNASeq. (wykład),
3. Prezentacja GALAXY (usegalaxy.org),
4. Przygotowanie danych RNASeq do analizy (warsztaty).

Dzień 2:

1. Zastosowanie narzędzia HISAT2 (warsztaty),
2. Ścieżka postępowania podczas analizy RNASeq (warsztaty).
3. Wstęp do identyfikacji ścieżek metabolicznych (warsztaty).
4. Na co zwrócić uwagę podczas publikacji danych z RNASeq (dyskusja).

Opis platformy GALAXY:

Platforma GALAXY jest opensource’owym narzędziem do analizy danych pochodzących z eksperymentów biologicznych. Platforma ta daje użytkownikowi możliwość swobodnego wyboru oraz konfiguracji narzędzi analitycznych. Jest alternatywą dla drogich narzędzi komercyjnych, jak np. Statistica, CLC Genomic Workbench, NextGene i wiele innych.

W związku z tym, że platforma GALAXY jest narzędziem z otwartą licencją, każde z wysokorozwiniętych naukowo państw posiada swoją dystrybucję serwisu GALAXY dopasowaną do potrzeb swojego regionu (wersja: amerykańska, japońska, francuska, australijska, chińska, niemiecka itp.). Każda z tych dystrybucji różni się doborem różnych zestawów narzędzi analitycznych dostosowanych do konkretnej grupy zainteresowań naukowych. Podczas warsztatu będziemy korzystać z zasobów wersji amerykańskiej. Już niedługo Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN udostępni polską wersję tego narzędzia.

Każdy potencjalny użytkownik dystrybucji platformy GALAXY otrzymuje przypisane do siebie konto, w którym może umieszczać pliki z danymi. Następnie, korzystając z wyszukiwarki, może dobierać narzędzia analityczne wg swojego zapotrzebowania. Może również wykorzystywać opublikowane lub projektować własne algorytmy postępowania z danymi. Dzięki takiemu podejściu otrzymujemy uniwersalne narzędzie do obróbki danych biologicznych.

Korzyść dla użytkownika jest podwójna. Dzięki GALAXY może korzystać z nowoczesnych i stale aktualizowanych narzędzi do analizy danych oraz wykorzystywać moc obliczeniową serwera, na którym platforma jest zainstalowana.

Warsztaty dla grupy I odbędą się 30 czerwca – 1 lipca 2023 roku w godzinach 9:00-14:00.  

Warsztaty dla grupy II odbędą się 7-8 lipca 2023 roku w godzinach 9:00-14:00.  

Czas trwania: 10 godzin zegarowych.

Liczba uczestników: 15 osób.

Forma szkolenia: on-line.

Profil uczestnika: biolog, biotechnolog, mikrobiolog, diagnosta laboratoryjny lub pokrewny. Zarówno dla absolwentów innych warsztatów z cyklu “Bioinformatyka dla biologów” (https://fundacja-tygiel.pl/bioinformatyka/) jak i osób, które w nich nie uczestniczyły.

Prowadzący:

Dr hab. Łukasz Łaczmański, prof. IITD PAN jest absolwentem biotechnologii na Uniwersytecie Wrocławskim. W 2003 roku obronił doktorat w Zakładzie Biofizyki Instytutu Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego. Następnie pracował jako diagnosta laboratoryjny. W latach 2006-2016 zorganizował i prowadził Laboratorium Endokrynologii Molekularnej na Uniwersytecie Medycznym we Wrocławiu. Od 2016 roku jest samodzielnym pracownikiem Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu, a od 2019 roku kieruje nowo utworzonym Laboratorium Genomiki i Bioinformatyki.

Zajmuje się propagowaniem nowoczesnych metod molekularnych, takich jak wysokoprzepustowe sekwencjonowanie materiału genetycznego (NGS) w diagnostyce medycznej.

Rejestracja

Przedłużona tura rejestracji uczestnictwa dla grupy I trwa do 15 czerwca 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Późna tura rejestracji uczestnictwa dla grupy II trwa do 22 czerwca 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

• Platforma ClickMeeting pozwoli na:
  • uczestnictwo w warsztacie poprzez urządzenia mobilne takie jak: laptop, smartfon, tablet (uczestnikom rekomendujemy aby podczas warsztatu korzystali z komputera stacjonarnego, laptopa lub aplikacji mobilnej ClickMeeting),
  • uczestnictwo w warsztacie bez posiadania kamery internetowej, zalecany jest sprawny mikrofon,
  • obecność i ciągłe wsparcie Organizatorów.

Wymagania techniczne:

• posiadanie komputera, smartfonu lub tabletu z połączonym Internetem,

• Procesor dwurdzeniowy 2GHz lub lepszy (zalecany czterordzeniowy);

• 2GB pamięci RAM (zalecane 4GB lub więcej);

• System operacyjny taki jak Windows 8 (zalecany Windows 10), Mac OS wersja 10.13 (zalecana najnowsza wersja), Linux, Chrome OS.

• wbudowany lub zewnętrzny mikrofon, opcjonalnie kamera internetowa.

Wymagane jest korzystanie z najaktualniejszych oficjalnych wersji Google Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Edge (Chromium), Yandex lub Opera.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy dla grupy I

• do 1 czerwca 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 30 czerwca – 1 lipca 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 4 lipca 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty dla grupy I

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1450 zł brutto (w tym 23% VAT) we wczesnej turze rejestracji lub 1700 zł brutto (w tym 23% VAT) w późnej turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

Terminy dla grupy II

• do 22 czerwca 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 7-8 lipca 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 10 lipca 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty dla grupy II

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 1450 zł brutto (w tym 23% VAT) we wczesnej turze rejestracji lub 1700 zł brutto (w tym 23% VAT) w późnej turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: BDB Z1 + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę warsztatu,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl