Szkolenie pt.: „Mikromacierze oligonukleotydowe: od koncepcji eksperymentu do przetwarzania danych”

Szkolenie jest kompleksowym wprowadzeniem do technologii mikromacierzy oligonukleotydowych, a także praktycznej analizy danych pochodzących z takich eksperymentów. Podzielone jest na dwie części, pierwszą dotyczącą omówienia samej technologii i praktycznych aspektów eksperymentu oraz drugą, dotyczącą analizy i interpretacji wyników badań.

Część I: Wprowadzenie do technologii mikromacierzy (6 godzin)

Pierwsza część szkolenia skoncentrowana jest na podstawach technologii mikromacierzy. Uczestnicy poznają różne platformy mikromacierzowe stosowane przez firmy Agilent, Illumina oraz Affymetrix, zyskując umiejętność porównywania ich funkcji i zastosowań. Dodatkowo, omówione zostaną praktyczne aspekty planowania i przeprowadzania eksperymentów mikromacierzowych, co pozwoli na solidne przygotowanie do części analitycznej.

Część II: Praktyczna analiza danych mikromacierzowych (8 godzin)

Druga część szkolenia skupia się na praktycznych umiejętnościach związanych z analizą danych. Uczestnicy nauczą się, jak pobierać i normalizować dane z mikromacierzy, przeprowadzać analizy różnicowe, a także jak interpretować uzyskane wyniki, w tym oceniać jakość danych. Zajęcia obejmują praktyczną pracę z narzędziami bioinformatycznymi, takimi jak Transcriptome Analysis Console, Agilent Feature Extraction, Illumina GenomeStudio oraz R/Bioconductor.

Szkolenie obejmuje również zaawansowane tematy, takie jak statystyczne metody analizy, wizualizacja danych oraz analiza funkcjonalna. Uczestnicy będą mieli okazję zastosować zdobytą wiedzę podczas ćwiczeń praktycznych, pracując na rzeczywistych zestawach danych z różnych typów eksperymentów, w tym analizie zmian w profilu ekspresji genów, profilowaniu miRNA oraz detekcji zmian w poziomach metylacji.

Szkolenie jest idealne dla osób chcących zdobyć zarówno teoretyczną wiedzę, jak i praktyczne umiejętności w zakresie mikromacierzy i analizy danych bioinformatycznych.

Program:

Dzień 1: Wprowadzenie do technologii mikromacierzy oligonukleotydowych (prowadzi dr inż. Anna Lalik)

• • Omówienie podstaw technologii mikromacierzy.
  • Porównanie platform mikromacierzowych.
  • Zastosowania mikromacierzy w badaniach biologicznych i medycznych.
  • Praktyczne aspekty planowania i przeprowadzania eksperymentów mikromacierzowych

Dzień 2: Analiza danych mikromacierzowych (prowadzi dr hab inż. Roman Jaksik)

• • Wstępne przetwarzanie danych oraz identyfikacja cech różnicujących
  • Interpretacja wyników oraz kontrola jakości
  • Narzędzia bioinformatyczne do analizy danych
  • Wizualizacja danych oraz analiza funkcjonalna
  • Praktyczne ćwiczenia na rzeczywistych zestawach danych

Niektóre elementy szkolenia wymagają znajomości programowania w R na poziomie podstawowym.

O prowadzących:

Dr inż. Anna Lalik – biotechnolog molekularny zawodowo związana z Politechniką Śląską. Od ponad 15 lat zajmuje się badaniem mechanizmów regulacji ścieżek sygnałowych w komórkach wykorzystując w badaniach technikę mikromacierzy ekspresyjnych i miRNA.

Dr hab inż. Roman Jaksik – bioinformatyk, adiunkt w katedrze Inżynierii i Biologii Systemów Politechniki Śląskiej. Ekspert w zakresie przetwarzania danych pochodzących z wysokoprzepustowych metod pomiarowych stosowanych w genomice i trankryptomice, z ponad 15 letnim doświadczeniem. Autor licznych artykułów naukowych, dotyczących mikromacierzy oligonukleotydowych, obejmujących zarówno badania aplikacyjne, jak i metodologiczne.  Jako adiunkt na Politechnice Śląskiej, dr Jaksik nie tylko prowadzi badania naukowe, ale również aktywnie uczestniczy w procesie dydaktycznym, dzieląc się swoją wiedzą i doświadczeniem z studentami oraz młodymi naukowcami.