Szkolenie pt.: „Wizualizacja i analiza struktur biomolekularnych programem PyMOL”

7 i 14 grudnia 2023 roku

10:00-13:00

Szkolenie ma na celu zapoznanie uczestników z narzędziem PyMOL oraz jego zastosowaniami w analizie strukturalnej biomolekuł. Uczestnicy będą mieli okazję na zdobycie umiejętności pozwalających na wizualizację, pomiar parametrów strukturalnych oraz tworzenie wysokiej jakości grafiki badań biomolekularnych.

Główne kompetencje:

• analiza wizualna struktury biomolekuł;
• pomiar podstawowych parametrów strukturalnych: odległości, kąty, sąsiedztwo, wiązania wodorowe itp.;
• kreacja wysokiej jakości grafik (fotorealistyczny raytrace’ing) przedstawiających białko będące przedmiotem badań uczestników.

Uczestnictwo w szkoleniu rekomendujemy:

• pracownikom naukowym zajmującym się badaniami biomolekularnymi;
• osobom zajmującym się projektowaniem leków;
• specjalistom z dziedziny biotechnologii, którzy chcą wykorzystać PyMOL w celach badawczych;
• doktorantom i studentom zainteresowanym rozwojem kompetencji w zakresie; analizy danych strukturalnych białek oraz kwasów nukleinowych i ich kompleksów.

Program:

1. Wstęp do oprogramowania PyMOL: prezentacja jego możliwości i zastosowań
2. Podstawy interfejsu użytkownika:
   – wczytywanie struktur
   – nawigacja myszką, komendy API, skrypty
   – podstawowe operacje, zaznaczanie i wybieranie obiektów
3. Wizualizacja struktur
   – style i reprezentacje
   – kolory
4. Grafika fotorealistyczna do publikacji oraz na potrzeby prezentacji/posterów/plakatów:
   – ustawienia raytrace’ingu: tło, cienie, antyaliasing
   – eksport do pliku
   – sztuczki i kruczki, czyli rozwiązywanie problemów
5. Analiza struktur:
   – proste pomiary odległości i kątów
   – mutageneza
   – stosowanie wtyczek

Prowadzący:

Dr hab. Dominik Gront w 2006 r. obronił pracę doktorską pt.: Opracowanie algorytmu do modelowania struktur białkowych na podstawie baz danych sekwencji i struktur, a 2016 habilitował się na podstawie pracy zatytułowanej: Opracowanie nowych algorytmów modelowania białek i ich implementacja w pakiecie BioShell. Aktualnie jest zatrudniony na stanowisku profesora uczelni na Wydziale Chemii Uniwersytetu Warszawskiego. Prowadzona przez niego grupa badawcza w 2012 roku dołączyła do konsorcjum Rosetta Commons; od 2019 r. dr Gront pozostaje członkiem zarządu tej organizacji.

Szkolenie odbędzie się w dniach 7 i 14 grudnia 2023 roku w godzinach 10:00-13:00.

Forma szkolenia: on-line.

Rejestracja

Przedłużona tura rejestracji uczestnictwa trwa do 30 listopada 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

Aby bez przeszkód móc uczestniczyć w wydarzeniu użytkując platformę ClickMeeting wystarczy dostęp do Internetu i aktualna przeglądarka internetowa (Chrome, Opera, Firefox, Edge). Zaleca się używać komputer z 4-wątkowym procesorem, min. 8 GB pamięci RAM i aktualnym systemem operacyjnym Windows 8.1, Windows 10 lub Windows 11. W praktyce jednak wystarczy dowolny sprzęt, który płynnie wykonuje zadania biurowe. Platforma streamingowa działa także na systemach operacyjnych Apple oraz dystrybucjach Linux, w tym – systemie Android i ChromeOS.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 23 listopada 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 7, 16 grudnia 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 18 grudnia 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników szkolenia wynosi 700 zł brutto (w tym 23% VAT) we wczesnej turze rejestracji lub 800 zł brutto (w tym 23% VAT) w późnej turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: struktury biomolekularne + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata szkoleniowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę szkolenia,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty szkoleniowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Szkolenia dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl