Warsztat pt.: „Metody typowania genetycznego oparte o ligację adaptorów oligonukleotydowych (LM PCR methods)”

26 maja 2023 roku
09:00-13:00

Techniki LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR) oparte o ligację adaptorów oligonukleotydowych służą do typowania genetycznego mikroorganizmów, które znajdują coraz szersze zastosowanie w mikrobiologii medycznej (epidemiologii molekularnej) i mikrobiologii środowiskowej do badania zmienności genetycznej drobnoustrojów. LM PCR znajduje zastosowanie przede wszystkim w identyfikacji i nadzorze zakażeń szpitalnych, określaniu dróg zakażenia, ocenie przypadków nawrotu infekcji po antybiotykoterapii, a także w monitorowaniu różnorodności klonalnej szczepów w populacji pacjentów i jego środowisku.

Do grupy tych technik należ AFLP (ang. Amplified Fragment Length Polymorphism), ADSRRS (Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites), PCR MP (ang. PCR melting profiles metod) oraz LM/PCR Shifter. Każda z tych metod różni się sposobem selekcji amplifikowanych fragmentów.

Analizie poddawane jest całe genomowe DNA izolowane z czystych kultur mikroorganizmów. Amplifikowane są fragmenty restrykcyjne z dołączonymi do nich adaptorami oligonukleotydowymi. Ograniczoną reprezentację fragmentów restrykcyjnych z dołączonymi adaptorami otrzymuje się podczas reakcji PCR w wyniku odpowiedniego systemu selekcji charakterystycznego dla danej metody.

Metody LM PCR charakteryzują się:
a. dużą mocą dyskryminacyjną i uniwersalnością,
b. możliwością regulacji potencjału różnicującego (potencjał różnicujący porównywalny z techniką REA-PFGE),
c. prostotą wykonania (brak potrzeby stosowania drogiej aparatury),
d. szybkością analizy (relatywnie krótki czas analizy),
e. powtarzalnością wyników.

Do kogo jest skierowany warsztat?

Udział w warsztacie polecamy osobom, które prowadzą lub planują prowadzić badania naukowe z wykorzystaniem technik LM PCR, a także chcą poszerzyć lub usystematyzować wiedzę z tego zakresu na poziomie akademickim.

Zagadnienia realizowane w ramach warsztatu:

1. Definicja typowania genetycznego i możliwe aplikacje
2. Podział metod typowania genetycznego
3. Kryteria wyboru metody typowania genetycznego
4. Techniki oparte o ligację adaptorów oligonukleotydowych – LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR) – część teoretyczna (szczegóły techniki i sposoby selekcji amplifikowanych fragmentów)
5. ADSRRS-fingerprinting (ang. AMPLIFICATION OF DNA SURROUNDING RARE RESTRICTION SITES) – AMPLIFIKACJA FRAGMENTÓW DNA OTACZAJĄCYCH RZADKIE MIEJSCA RESTRYKCYJNE), PCR MP (ang. PCR Melting profiles) i LM-PCR/SHIFTER – wymagany sprzęt i odczynniki; optymalizacja i walidacja metod, praktyczne porady
6. Określanie potencjału różnicującego metody PCR – fingerprinting
7. Ewentualne problemy i ich rozwiązywanie
8. Przykłady zastosowania technik ADSRRS-fingerprinting i PCR MP
9. Analiza wzorów PCR – fingerprinting
10. Interpretacja wyników w badaniach pokrewieństwa między obiektami
11. Obliczanie wartości podobieństwa dwóch obiektów (klasterów) – miara podobieństwa i dendrogramy
12. Pytania i dyskusja

Warsztat odbędzie się 26 maja 2023 r. w godzinach 09:00-13:00.

Program został przygotowany na podstawie wiedzy teoretycznej i bogatego doświadczenia praktycznego Prowadzącej.  Spotkanie zostanie przeprowadzone w formule online. Uczestnicy podczas rejestracji mają możliwość wskazania, jakie zagadnienia merytoryczne są dla nich najbardziej istotne. Formuła warsztatu umożliwi także interakcję pomiędzy Uczestnikami i Prowadzącą.

Dodatkowe informacje:

Po zakończonym warsztacie Uczestnikom zostanie udostępniona prezentacja w formacie .pdf oraz skrypt z metodyką (protokołami do bezpośredniej pracy). Ponadto, każdy uczestnik otrzyma certyfikat potwierdzający uczestnictwo wraz z opisem zakresu merytorycznego przedstawionego w trakcie spotkania.

Prowadząca:

Dr hab. Beata Krawczyk, profesor uczelni, Politechnika Gdańska, Wydział Chemiczny, Katedra Biotechnologii Molekularnej i Mikrobiologii.

Biogram naukowy:

Pracownik Katedry Biotechnologii Molekularnej i Mikrobiologii na Wydziale Chemicznym Politechniki Gdańskiej od roku 1991. Stopień naukowy doktora nauk przyrodniczych w dyscyplinie biologia (1997). Stopień naukowy doktora habilitowanego nauk biologicznych w dyscyplinie biologia – 2009 r. W 2012 r – staż naukowy w University of the Mediterranean, Faculty of Medicine of Marseilles, Francja, jako profesor wizytujący. Od 2016 roku zajmuje stanowisko profesora uczelni.

2009-2019 – członek Rady Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej; 2011- medal Komisji Edukacji Narodowej; 2021 – członek Rady Naukowej PG w dyscyplinie Inżynieria Biomedyczna. Działalność w Polskim Towarzystwie Mikrobiologów od 2001 roku. 2008 -2012 sekretarz Oddziału Gdańsk PTM, od 2012 – 2022 przewodnicząca Oddziału Gdańsk PTM. Członek Komitetu Mikrobiologii Polskiej Akademii Nauk w latach 2012-2015. Od 2020 Członek Rady Towarzystw Naukowych przy Prezydium Polskiej Akademii Nauk jako reprezentant Federacji Polskich Towarzystw Medycznych.

Reprezentowanie dyscyplin naukowych: Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych/Nauki biologiczne; Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych/Nauki chemiczne; Dziedzina nauk inżynieryjno-technicznych/Inżynieria biomedyczna.

Zainteresowania zawodowe:

• diagnostyka molekularna w mikrobiologii, epidemiologia molekularna,
• biotechnologia – konstrukcja nowych molekularnych testów diagnostycznych do wykrywania, identyfikacji oraz typowania genetycznego drobnoustrojów,
• nowe natywne i modyfikowane polimerazy DNA jako narzędzia w reakcji PCR,
• mikrobiologia kliniczna: sepsa/urosepsa o etiologii coli, zakażenia układu moczowego (ZUM); patogeneza, wirulencja, antybiotykooporność E. coli/Klebsiella sp./Enterococcus sp.

Szerokie doświadczenie w technikach amplifikacji kwasów nukleinowych i metodach typowania genetycznego drobnoustrojów.

Przykłady zastosowań technik LM-PCR zostały opublikowane w pracach:

1. Krawczyk, B., & Lewandowski, K. (2007). Optymalizacja i walidacja metody ADSRRS-fingerprinting – konstrukcja zestawu diagnostycznego do różnicowania genetycznego drobnoustrojów. BioTechnologia, 2(nr 77), 95-113.
2. Krawczyk B., Samet A., Czarniak E., Szczapa J., Kur J.: Extended-spectrum β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal unit: control of an outbreak using a new ADSRRS technique. Pol. J. Microbiol. 2005, 54(2):105-10.
3. Krawczyk B., Lewandowski K., Bronk M., Samet A., Myjak P., Kur J.: Evaluation of novel method based on amplification of DNA fragments surrounding rare restriction sites (ADSRRS-fingerprinting) for typing strains of vancomycin-resistant Enterococcus faecium. J. Microbiol. Methods 2003, 52(3): 341-51.
4. Krawczyk B., Naumiuk L., Lewandowski K., Baraniak A., Gniadkowski M., Samet A., Kur J.: Evaluation and comparison of random amplification of polymorphic DNA, pulsed-field gel electrophoresis and ADSRRS-fingerprinting for typing Serratia marcescens outbreaks. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2003, 38(3): 241-248.
5. Krawczyk B., Samet A., Leibner J., Śledzińska A., Kur J. Evaluation of a PCR melting profile (PCR MP) technique for bacterial strain differentiation. J Clin Microbiol. (2006) 44:2327-2332;
6. Krawczyk B., Leibner J., Samet A., Kur J. Technika PCR MP (PCR Melting Profile) – możliwości zastosowania w badaniach epidemiologicznych. Medycyna Doświadczalna (2007) 59:5-16;
7. Krawczyk B., Leibner J., Barańska – Rybak W., Samet A., Nowicki R., Kur J. ADSRRS-fingerprinting and PCR MP techniques for studies of intraspecies genetic relatedness in Staphylococcus aureus. J Microbiol. Methods. (2007) 71:114-122.
8. Krawczyk B., Leibner J., Stojowska K., Bronk M., Samet A. and J. Kur. PCR Melting Profile method for genotyping analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates from Hematological unit patients. Pol J Microbiol. (2007) 56:65-70;
9. Krawczyk B, Leibner-Ciszak J, Mielech A, Nowak M, Kur J: PCR melting profile (PCR MP) – a new tool for differentiation of Candida albicans strains. BMC Infect Dis. (2009) 9:177;
10. Leibner-Ciszak J, Dobrowolska A, Krawczyk B, Kaszuba A, Stączek P: Evaluation of PCR MP method for intra-species differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton mentagrophytes. J Med. Microbiol (2010) 59:185-92;
11. Krawczyk B., Leibner-Ciszak J., Stojowska K., Kur J. The new LM-PCR/Shifter method for the genotyping of microorganisms based on the use of a Class IIS restriction enzyme and Ligation Mediated PCR. J Microbiol Biotechn. 2011; 21(12): 1336-1344.
12. Stojowska K, Krawczyk B. A new double digestion ligation mediated suppression PCR method for simultaneous bacteria DNA-typing and confirmation of species: an Acinetobacter sp. model. PLoS One. 2014, 9(12):e115181. doi: 10.1371/journal.pone.0115181.
13. Krawczyk B., Kur J., Stojowska-Swędrzyńska K., Śpibida M. Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms. Acta Biochimica Polonica. 2016, 63(1): 39-52. ISSN: 0001-527X.
14. Stojowska-Swędrzyńska K, Krawczyk B. A new assay for the simultaneous identification and differentiation of Klebsiella oxytoca strains 2016. Appl Microbiol Biotechno. 2016, 100(23):10115-10123. DOI: 10.1007/s00253-016-7881-1.
15. Rybak, B., Krawczyk, B., Furmanek-Blaszk, B., Wysocka, M., Fordon, M., Ziolkowski, P., Meissner, W., Stepniewska, K., & Sikorska, K. (2022). Antibiotic resistance, virulence, and phylogenetic analysis of Escherichia coli strains isolated from free-living birds in human habitats. PLOS ONE, 17. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0262236

Rejestracja

Przedłużona tura rejestracji uczestnictwa trwa do 18 maja 2023 roku. Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK

Platforma

• Platforma ClickMeeting pozwoli na:
  • uczestnictwo w warsztacie poprzez urządzenia mobilne takie jak: laptop, smartfon, tablet (uczestnikom rekomendujemy aby podczas warsztatu korzystali z komputera stacjonarnego, laptopa lub aplikacji mobilnej ClickMeeting),
  • uczestnictwo w warsztacie bez posiadania kamery internetowej, zalecany jest sprawny mikrofon,
  • obecność i ciągłe wsparcie Organizatorów.

Wymagania techniczne:

• posiadanie komputera, smartfonu lub tabletu z połączonym Internetem,

• Procesor dwurdzeniowy 2GHz lub lepszy (zalecany czterordzeniowy);

• 2GB pamięci RAM (zalecane 4GB lub więcej);

• System operacyjny taki jak Windows 8 (zalecany Windows 10), Mac OS wersja 10.13 (zalecana najnowsza wersja), Linux, Chrome OS.

• wbudowany lub zewnętrzny mikrofon, opcjonalnie kamera internetowa.

Wymagane jest korzystanie z najaktualniejszych oficjalnych wersji Google Chrome, Mozilla Firefox, Safari, Edge (Chromium), Yandex lub Opera.

Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.

Terminy

• do 18 maja 2023 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 26 maja 2023 roku – termin wydarzenia,
• od 30 maja 2023 roku – wysyłka papierowych materiałów – certyfikatów uczestnictwa.

Opłaty

Opłata dla wszystkich uczestników warsztatu wynosi 500 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 575 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 650 zł brutto (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji* – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.

DANE DO WPŁAT

Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)

Tytuły przelewów: LM PCR 1 + imię i nazwisko Uczestnika

Opłata warsztatowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:

• podstawę prawną,
• imię i nazwisko uczestnika,
• datę i nazwę warsztatu,
• nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
• podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.

W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty warsztatowej w wartości netto.

Regulamin

Regulamin Warsztatu dostępny jest tutaj -> LINK

Kontakt

szkolenia@fundacja-tygiel.pl