Szkolenie pt.: „Współczesne metody obliczeniowe przewidywania struktury, dynamiki i funkcji białek”
18 i 25 listopada 2026 roku (szkolenie 2-dniowe*)
*istnieje możliwość zapisu na jeden wybrany dzień
8:00-12:00
Program szkolenia
Dzień pierwszy 18.11 2026 r. (struktura białka):
- Wstęp do problemu przewidywania struktury białka.
- Omówienie AlphaFold w wersjach 1, 2 i 3.
- Omówienie ColabFold, OpenFold, RosettaFold etc.
- Wykorzystywanie dużych białkowych modeli językowych (pLM) w przewidywaniu struktury białka i jego reprezentacji.
- Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem wyżej wymienionych narzędzi.
Dzień drugi 25.11.2026 r. (dynamika i funkcja białka):
- Modelowanie dynamiki białka (BioEmu).
- Adnotowanie białek pod względem funkcjonalnym.
- Omówienie deepFRI, deepGO-SE, PST, EggNOG Mapper etc.
- Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem wyżej wymienionych narzędzi.
Na szkoleniu Uczestnicy zapoznają się z problematyką przewidywania struktury trzeciorzędowej białka, jego dynamiki oraz funkcji. Pod tym względem bioinformatyka przeżywa obecnie bardzo dynamiczny rozwój, a giganci technologiczni weszli do gry, m.in. Google DeepMind stworzył nagrodzony Nagrodą Nobla z chemii AlphaFold, Microsoft rozwinął BioEmu, a Meta – rodzinę precyzyjnych białkowych modeli językowych ESM. Oprócz wyczerpującego wstępu teoretycznego, tzn. omówienia tego, jak działają wyżej wymienione (i nie tylko) metody, na zajęciach przeprowadzone zostaną warsztaty praktyczne dotyczące tego, jak i kiedy ich używać.
UWAGA: do uruchomienia niektórych programów (m.in. AlphaFold) polecane jest (ale nie wymagane) posiadanie konta w serwisie PLGrid (https://plgrid.pl/) oraz aktywnego grantu obliczeniowego na superkomputerze Ares lub Athena. Wymagana jest podstawowa znajomość języka Python.
Szkolenie skierowane jest zarówno do badaczy zorientowanych obliczeniowo, zamierzających pogłębić swoją wiedzę o najnowszych trendach w bioinformatyce strukturalnej, jak i dla biologów chcących poznać komplementarne narzędzia względem standardowych technik eksperymentalnych.
Dr inż. Paweł Szczerbiak – z wykształcenia fizyk, zajmujący się w swojej poprzedniej pracy badawczej laserami półprzewodnikowymi, ciemną materią, a także supersymetrycznymi rozszerzeniami Modelu Standardowego cząstek elementarnych. Od 2019 roku bioinformatyk, specjalizujący się w problematyce przewidywania struktury i funkcji białek oraz ich reprezentacji. Obecnie pracuje w Sano – Centrum Zindywidualizowanej Medycyny Obliczeniowej oraz na Wydziale Informatyki AGH, gdzie prowadzi zajęcia z podstaw sztucznej inteligencji, równań różniczkowych oraz obliczeń w dużej skali. Główny autor artykułów naukowych opublikowanych w Nature Communications, prelegent wielu międzynarodowych konferencji, a także lider kilku projektów badawczych.
Szkolenie odbędzie się w dniach 18 i 25 listopada 2026 roku w godzinach 8:00-12:00.
Forma szkolenia: on-line.
Platforma
Aby bez przeszkód móc uczestniczyć w wydarzeniu użytkując platformę ClickMeeting wystarczy dostęp do Internetu i aktualna przeglądarka internetowa (Chrome, Opera, Firefox, Edge). Zaleca się używać komputer z 4-wątkowym procesorem, min. 8 GB pamięci RAM i aktualnym systemem operacyjnym Windows 8.1, Windows 10 lub Windows 11. W praktyce jednak wystarczy dowolny sprzęt, który płynnie wykonuje zadania biurowe. Platforma streamingowa działa także na systemach operacyjnych Apple oraz dystrybucjach Linux, w tym – systemie Android i ChromeOS.
Ze swojej strony zapewniamy pomoc techniczną w konfiguracji, jak również wsparcie ze strony przedstawicieli platformy.
Terminy
• do 20 listopada 2026 roku – zgłoszenia uczestnictwa, poprzez wypełnienie formularza internetowego,
• 18 i 25 listopada 2026 roku – termin wydarzenia.
Opłaty – udział w jednym, wybranym dniu szkolenia
Opłata dla uczestników za jeden dzień szkolenia wynosi 680 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 750 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 830 zł (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
*Osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
Opłaty – udział w pełnym 2-dniowym szkoleniu
Opłata dla uczestników 2-dniowego szkolenia wynosi 1100 zł brutto (w tym 23% VAT) w I turze rejestracji, 1250 zł brutto (w tym 23% VAT) w II turze rejestracji lub 1350 zł (w tym 23% VAT) w III turze rejestracji – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
*Osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przesłanie informacji przed uiszczeniem opłaty.
Rejestracja
Zgłoszenia udziału należy kierować poprzez formularz -> LINK
DANE DO WPŁAT
Fundacja na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL
ul. Głowackiego 35/348, 20-060 Lublin
NIP 946-26-49-975
Numer rachunku: 70 1140 2004 0000 3102 7533 8307
Nazwa Banku: mBank (BRE Wydz. Bankowości Elektronicznej)
Tytuły przelewów: metody oblicz. + imię i nazwisko Uczestnika
Opłata szkoleniowa zawiera podatek VAT (23%) – osoby planujące skorzystać ze zwolnienia z podatku VAT w sytuacji finansowania uczestnictwa ze środków publicznych proszone są przed uiszczeniem opłaty o poinformowanie nas o tym mailowo oraz o dostarczenie oświadczenia o zwolnieniu z VAT zawierającego następujące informacje:
- podstawę prawną,
- imię i nazwisko uczestnika,
- datę i nazwę szkolenia,
- nazwę organizatora – Fundacji na rzecz promocji nauki i rozwoju TYGIEL,
- podpis osoby upoważnionej ze strony instytucji ubiegającej się o skorzystanie ze zwolnienia z VAT w kwestiach finansowych.
W odpowiedzi potwierdzimy otrzymanie oświadczenia oraz udzielimy informacji na temat wysokości opłaty szkoleniowej w wartości netto.
Regulamin
Regulamin Szkolenia dostępny jest tutaj -> LINK
Kontakt
szkolenia@fundacja-tygiel.pl
